CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）是Steven Henikoff团队于2019年基于CUT&RUN（一文搞懂CUT&RUN）进行改进的研究蛋白质与DNA相互作用的技术，该技术利用Tn5转座酶的特点，在切割染色质的同时直接插入接头（adaptor）极大地缩减了建库时间，且对样本量要求更低，所需测序深度也更低。
原理
如图1所示，该技术和CUT&RUN一样，都是利用刀豆素A磁珠（ConA磁珠）来捕获细胞，但是该方法是通过转录因子等蛋白特异性抗体引导Protein A/G-Tn5转座酶对目标染色质区域进行切割，同时在序列两端加上测序接头，通过PCR扩增后形成用于高通量测序的文库。
图1.CUT&Tag原理。
Tn5转座酶工作原理：
如图2所示，当转座事件发生时，两个Tn5转座酶分子结合到供体DNA (Donor DNA)的转座子的ME序列，形成两个Tn5转座酶分子与供体DNA的复合物①，随后两个Tn5转座酶分子通过C末端相互作用进行联会并环化(Circularization)转座子，形成一个Tn5转座酶二聚体复合物 (Transposase dimer complex)②，在Mg2+存在的条件下，Tn5转座酶切割供体DNA，并携带供体DNA片段离开供体链形成转座体(Transposome)③，当Tn5转座体识别靶点DNA (Target DNA)，也称受体DNA (acceptor DNA)，并结合到随机靶序列(Target site)上形成转座体与靶序列的复合物④，在Mg2+存在条件下，会对靶序列进行切割，将其携带的供体DNA片段插入靶序列中，形成转座后的DNA序列(Transposed DNA)⑤，切割形成的9bp粘性末端可以通过DNA聚合酶、连接酶作用进行填补，最终两端形成9bp正向重复序列。基因从供体DNA通过Tn5转座酶“剪切”之后“粘贴”到另一受体DNA，实现了基因片段在基因组中的“跳跃”。
图2.碧云天BeyoNGS™ Tn5 Transposase的工作原理图。
碧云天生产的BeyoNGS™ pG-Tn5 Transposase和BeyoNGS™ pA-Tn5 Transposase是一种来源于E.coli，经过改造的具有极高活性Tn5转座酶突变体和Protein G的融合蛋白。在和适当测序接组装后成pG-Tn5转座体或pA-Tn5转座体，可用于CUT&Tag实验。与野生型Tn5转座酶相比，其插入效率至少提升1000倍，具有转座随机性好、稳定性高、插入位点易测序等特点。
方法优势
1.不需要固定：传统的ChIP需要先进行甲醛固定，而CUT&RUN利用包被有凝集素（刀豆素A）的磁珠特异性结合细胞上的糖基化修饰分子捕获细胞。
2.所需细胞量更少：传统的ChIP需要大概100-1000万个细胞，CUT&RUN实验需50万个细胞，而CUT&Tag仅需0.5-50万个细胞。
3.测序背景低：传统的ChIP需要对整个染色质打断，一定会产生背景噪声，而CUT&Tag因为切割只发生在结合位点附近，因此检测背景很低。
4.节省时间：传统的ChIP需要2-3天时间，而CUT&Tag仅需1-2天，且极大地减少了建库时间。
方法顾虑
传统的ChIP实验需要进行交联而CUT&Tag并不需要交联，因此适用于ChIP的抗体并不一定同样适用于CUT&Tag实验，因此大家需要根据实际条件来判断是选用传统的ChIP、CUT&RUN还是CUT&Tag哦~
该实验涉及到的产品信息：
| 产品编号 | 产品名称 | 包装 |
| P2156 | BeyoMag™ Concanavalin A Magnetic Beads (刀豆素A磁珠) | 200μl/1ml/5ml |
| D7110 | BeyoNGS™ pA-Tn5 Transposase | 800pmol/4000pmol |
| D7112 | BeyoNGS™ pG-Tn5 Transposase | 800pmol/4000pmol |
| D7102 | BeyoNGS™ Tn5 Transposase | 800pmol/4000pmol |
| P1005 | 蛋白酶抑制剂混合物(通用型, 100X) | 1ml/5ml |
| P1045 | 蛋白酶磷酸酶抑制剂混合物(通用型 , 50X) | 各2ml/各10ml |
| ST1272 | 洋地黄皂苷(Reagent grade) | 25mg/100mg/500mg |
| S0010 | Spermidine (nNOS抑制剂) | 200mg |
| ST2492 | 氯化镁六水合物(98%, Reagent grade) | 100g/500g |
| R0058-1ml | MgCl2 (100mM, DEPC-treated) | 1ml |
| ST269 | 1M MgCl2 | 100ml |
| D0038 | BeyoMag™ DNA长度分选磁珠 | 1ml/5ml/20ml/100ml |
| ST532/ST533 | Proteinase K (20mg/ml) | 0.2ml/1ml |
| ST535 | Proteinase K | 100mg/500mg/2g |
| D7211 | Hot-Start Taq DNA Polymerase | 200U/1000U/5000U |
| D7262 | BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, Low ROX) | 1ml/5ml/25ml |
| D7220/D7221 | BeyoFusion™ DNA Polymerase | 200U/1000U |