全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。它可以获取最全的基因组信息，找到大量的单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)，插入缺失位点(Insertion/Deletion, InDel)、杂合性缺失(Loss of Heterozygosity, LOH)、拷贝数变异(Copy Number Variation, CNV)以及基因组重排导致的结构变异位点(Structure Variation, SV)。配合比较基因组学分析、群体遗传学分析、进化分析和计算生物学分析方法既可以用于深入探索疾病基因组的奥秘，也可以高效识别动植物的性状连锁区域，为遗传育种提供科学依据和技术支撑。

碧云天全基因组重测序服务项目表：

备注：质检首次免费，如果样品首次质检不通过，后续再进行质检每样加收100元。核酸抽提与质检、自制文库质检以及数据分析报价如下。

碧云天高通量测序样品制备与质检技术服务项目表：

注：以上样品制备与质检技术服务项目仅作为高通量测序的配套服务，不单独提供相应服务。

碧云天高通量测序技术服务询价与订购：

1. 请您下载并填写《碧云天高通量测序服务询价表》，发送至service@beyotime.com，我们将为您设计最佳方案。
2. 若有订购意向，碧云天的高通量测序技术服务人员会与您联系，并签订《碧云天高通量测序技术服务协议书》。
3. 送样时，请下载并填写《碧云天高通量测序生物样品信息表》，发送至service@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱。样品的具体要求参见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天高通量测序技术服务优势：

1. 技术经验丰富：碧云天拥有强大的技术团队，具有多年的核酸纯化试剂盒开发经验，在核酸样品处理方面有丰富的操作经验。
2. 分析能力强：碧云天有专业的生物信息分析团队，为您提供完善的分析服务。
3. 服务全面快速：碧云天有多年的试剂研发经验，有完备的分子生物学产品线和完善的生物技术服务体系，可为您后继实验提供跟踪服务。另外，我们承诺以最快的速度去解决您遇到的问题。
4. 实验平台灵活：碧云天现在主要利用主流的Illumina平台为主，可以根据实验目的和要求灵活运用不同的实验平台的优势。
5. 性价比高：碧云天以最优惠的价格为您提供最全面的服务，帮助您有效节约实验成本。

碧云天高通量测序技术服务客户须知：

1. 样品寄出前，请给service@beyotime.com或碧云天高通量测序技术服务人员邮箱发送一份填写完整的电子版《碧云天高通量测序生物样品信息表》；如有特殊情况，请在快递发出前与碧云天高通量测序技术服务人员电话联系，比如客户自送样品、提前寄送样品、有其它物品随样品一起快递需要额外点收等，以便安排人手，防止丢失。
2. 请将填写完整的纸质版《碧云天高通量测序生物样品信息表》以及其它技术资料(如有)密封于塑料袋内，随样品一起寄出；协议书和硬盘(数据量较大，需硬盘存储)请另单快递给对应接收人员，不要与样品一起快递，既避免物流分拣环节导致合同和硬盘遗失，也避免干冰或蓝冰冷凝水可能损坏文件和硬盘。
3. 如果需要进行生物信息学分析，请在《碧云天高通量测序生物样品信息表》的“项目描述”栏目里注明。
4. 样品置于1.5ml或其它型号的低吸附离心管里；管上清楚标明样品名称，样品管上的名称要与《碧云天高通量测序生物样品信息表》一致，请双人核实无误；用parafilm膜把样品管缠紧密封好；将样品管置于保护用的50ml离心管或其它容器里，用适量纸、纱布或棉花塞紧，防止样品管晃荡，旋紧盖子。
5. 根据样品类型选择室温、蓝冰或者干冰包装，选择最快的运输方式以免样品降解；合理安排发货时间，避免周六、周日或法定节假日到达，以免样品丢失。低温运输采用安全的干冰，不要用危险的液氮；液氮如果渗进样品管，在温度发生变化时因体积膨胀有可能导致爆炸，毁坏样品。
6. 项目结束后，剩余样品免费保存6个月；如果需要延长保存期或者返还，请提前与碧云天高通量测序技术服务人员联系。
7. 其它详细的样品要求请见《碧云天高通量测序生物送样要求》。

碧云天全基因组重测序技术服务项目明细：

全基因组重测序(Whole Genome Sequencing, WGS)：通过对全基因组DNA进行测序，可获取最全的基因组核酸变异信息，从而研究其与疾病和其它生物性状相关性。全基因组重测序可获取最全的基因组信息。

技术流程
技术参数

测序平台与方式：HiSeq, PE150
测序深度：30X，50X或更高(90G, 150G或更高的数据量)
测序及基础分析周期：20个工作日

样品要求

1. 样品纯度：OD_260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA应该去除干净。
2. 样品浓度：最低浓度不低于50ng/µl。
3. 样品总量：每个样品总量不少于4µg。
4. 样品溶剂：要溶解在超纯水或Low-EDTA TE (10 mM Tris-HCl, 0.1 mM EDTA, pH 8.0)中。
5. 样品运输：DNA低温运输(-20℃)；且在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；收到样品后，碧云天需要对样品进行检测，最终样品的量和纯度，以碧云天的检测结果为准。

数据分析流程

数据分析内容

基本信息分析
数据质控：去除接头污染和低质量数据 与参考序列进行比对、统计测序深度及覆盖度 SNP/InDel/CNV/SV检测、注释及统计
高级信息分析
肿瘤	单基因病	复杂疾病
已知的癌症基因的突变筛选 高频突变基因总结 突变位点分布情况分析 基因组变异Circos图展示 高频突变基因相关性分析 高频CNV分析 肿瘤纯度及倍性分析 LOH在基因组中的分布 瘤内异质性及克隆结构分析 融合基因及高频融合基因 非编码区高频突变分析 病毒整合分析 其他个性化内容分析	突变位点筛选 显/隐性遗传模式筛选(纯合子或杂合子的筛选) 候选基因功能注释 候选基因功能富集分析 (GO1, KEGG2等) 纯合子区域分析(连续纯合子变异区段)	综合各种资源列举已知候选基因 候选基因中突变的筛选和功能预测 候选基因功能注释 新生突变筛选和分析 候选基因功能富集分析 (GO, KEGG等) 蛋白互作网络分析(PPI) 结合实验设计(家系或自然群体)进行遗传学分析(连锁关联分析) 变异在全基因组范围内的共发生/互斥现象分析 其他个性化分析

注：

1. GO (Gene Ontology)是一个基因分类注释数据库。详见http://geneontology.org/
2. KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一个做基因信息通路注释分析的数据库。详见 http://www.genome.jp/kegg/
3. 分析服务只含基本分析，如果需要"高级信息分析"或个性化分析，请咨询高通量测序技术服务人员。

应用案例

全基因组测序描绘乳腺癌突变谱
Nik-Zainal, S., et al., Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences. Nature, 2016. 534(7605): p. 47-54.
研究人员测了560位乳腺癌患者(556位女性和4位男性)的肿瘤和正常组织的全基因组，共鉴定出93个驱动基因，以及与缺陷DNA修复和BRCA1及BRCA2功能相关的突变标签(mutational signatures)，揭示了乳腺癌的基因起源和驱动机制。研究人员共在93个基因中鉴定出1628个可能的驱动突变。其中95%的基因组至少有一个驱动基因。研究人员还分析了基因组的非编码区，分布在PLEKHS1、TBC1D12和WDR74的启动子中，以及长非编码RNA MALAT1和NEAT1中发现了复发性突变(recurrent mutations)。本研究也鉴定出了6个重组标签，标签1~3表现为串联重复，重组标签2和5表现为缺失。其中3种标签与基因同源重组的DNA修复缺陷相关：一种和BRCA1功能缺陷相关，另一种和BRCA1或BRCA2功能缺陷相关，第三种未知。研究人员表示，鉴定这些突变标签是未来做诊断的基础。

560个乳腺癌样品中突变的模式