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核酸相关> DNA操作> 内切酶与外切酶
产品编号: D6000L
产品包装:50kU
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价格: ¥ 3053.84
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
D6000S Exonuclease I 2kU 188.00元
D6000M Exonuclease I 10kU 698.00元
D6000L Exonuclease I 50kU 2588.00元

碧云天生产的Exonuclease I,即核酸外切酶I,是由碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台表达、纯化获得的一种大肠杆菌来源的,能够特异催化单链线性DNA (Single-strand linear DNA)从3'到5'方向降解的核酸外切酶[1]。

Exonuclease I对底物具有高度选择性,只能特异催化具有3'-OH末端的单链线性DNA沿3'到5'方向降解,同时逐步释放单个dNMP,直至5'端残留两个脱氧核苷酸;不能酶解3'端被其它基团修饰封闭的单链DNA,也不能水解双链DNA和RNA [2, 3]。

Exonuclease I常用于在PCR反应后或测序反应前,消除体系中残留的过量单链DNA引物;但不能用于带有3'粘性末端的双链DNA的末端平滑,推荐使用碧云天DNA末端平滑试剂盒(D7012),或T4 DNA Polymerase (D7052)等进行双链DNA粘性末端的末端平滑处理,也称平末端化处理。

Exonuclease I主要用于单链DNA从3'到5'方向逐步切除单个核苷酸;对于单链DNA/RNA从3'到5'方向降解或将带有3'突出末端的双链DNA或双链RNA生成平末端,推荐使用碧云天的Exonuclease T (D6003);对于单链DNA从5'到3'方向的降解或部分消除双链DNA的5'单链突出末端,推荐使用碧云天RecJf Exonuclease (D6006);对于双链或单链DNA从5'到3'方向的降解,推荐使用碧云天T5 Exonuclease (D7082);对于带有5'磷酸化修饰的双链或单链线性DNA的降解,推荐使用碧云天Lambda Exonuclease (D7084);对于双链DNA从5'到3'方向的消化,推荐使用碧云天Exonuclease VIII, truncated (D7088)。

碧云天的Exonuclease I (D6000)识别并酶切单链DNA的示意图请参考图1。

图1.碧云天Exonuclease I (D6000)识别并酶切单链DNA的示意图。

碧云天的Exonuclease I (D6000)催化降解单链DNA的效果可参考图2。

图2.碧云天Exonuclease I (D6000)催化降解单链DNA的效果图。在20µl反应体系(67mM Glycine-KOH, 6.7mM MgCl2, 10mM DTT (pH9.5 @ 25ºC))中加入2nmol长度为42nt的单链DNA,适量BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876),以及图中指定量的本产品或N公司(Competitor)的Exonuclease I,37ºC孵育30分钟进行反应,反应完成后80ºC孵育20分钟以终止反应。取反应后产物5μl,加入5μl DNA/RNA Loading Buffer (2X, for Denaturing PAGE) (R0212),进行变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(180V电泳60分钟),随后使用NA-Red (EB升级换代产品, 2000X) (D0128/D0130)室温染色5分钟,在紫外灯下观察实验结果。如图所示,本产品与N公司的Exonuclease I产品相比,具有类似的消化降解单链DNA的效果。实际操作时不同实验条件获得的实验结果会略有差异,图中效果仅供参考。

用途:常用于PCR反应产物中单链引物的去除;在进行Sanger DNA测序或SNP分析之前,去除PCR反应体系中的单链引物;去除样品中的单链线性DNA,保留双链DNA;分析样品中3'-羟基末端单链DNA [3]。

来源:纯化自携带编码大肠杆菌Exonuclease I基因的E. coli重组菌株。

纯度:不含除Exonuclease I以外的其它种类DNA/RNA内切酶和外切酶,不含磷酸酯酶。

活性定义:One unit is defined as the amount of enzyme that will catalyze the release of 10nmol of acid-soluble nucleotide in a total reaction volume of 50μl in 30 minutes at 37ºC in 1X Exonuclease I Reaction Buffer with 0.17mg/ml single-stranded [3H]-DNA。

酶储存液:10mM Tris-HCl,100mM NaCl,5mM DTT,0.5mM EDTA,100µg/ml BSA,50% Glycerol (pH7.5 @ 25ºC)。

10X Reaction Buffer:670mM Glycine-KOH,67mM MgCl2,100mM DTT (pH9.5 @ 25ºC)。

失活或抑制:80ºC孵育20分钟可使Exonuclease I失活。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D6000S-1 Exonuclease I (20U/µl) 100µl
D6000S-2 10X Reaction Buffer 400µl
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D6000M-1 Exonuclease I (20U/µl) 500µl
D6000M-2 10X Reaction Buffer 2ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D6000L-1 Exonuclease I (20U/µl) 2.5ml
D6000L-2 10X Reaction Buffer 10ml
说明书 1份
保存条件:

-20ºC保存,两年有效。

注意事项:

本产品提供的试剂均用不含DNA酶和RNA酶的水配制,可直接用于单链线性DNA从3'到5'方向的消化。

Exonuclease I对作用底物具有高度选择性,仅特异催化3'末端为羟基的单链DNA从3'到5'方向的降解,不能催化3'末端带有其它修饰基团的单链DNA的消化,也不能作用于双链DNA和RNA。请务必选择特定类型的底物,使用Exonuclease I进行酶切反应。

Exonuclease I不适用于水解双链DNA,对于含二级结构的单链DNA需变性才能被水解。

Exonuclease I的最佳反应温度是37ºC,在80ºC条件下孵育20分钟可使其完全失活。

Exonuclease I在普通PCR buffer中也具有活性,适用于PCR产物中引物或其他单链的去除;也可以与碱性磷酸酶如碧云天BeyoAP Alkaline Phosphatase (D7027)配合使用,在去除测序或SNP反应体系中过量单链引物的同时,可使dNTP去磷酸化而失活,以免干扰后续反应。

碧云天同时在售多种类型核酸外切酶,请根据底物类型及实验需求,自主选择合适的核酸外切酶产品进行酶切反应。

超纯水推荐选购碧云天的BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876)。

酶使用时宜存放在冰盒内或冰浴上,使用完毕后宜立即放置于-20ºC保存。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
1.配制反应体系。
用于DNA样品中单链DNA的消除时,可参考下表在冰浴中配制如下反应体系(以20μl体系为例):
Reagent Volume Final Concentration
Ultrapure Water (17.5-X)µl -
10X Reaction Buffer 2µl 1X
DNA Sample Xµl (100nmol bases) 5nmol/µl
Exonuclease I (20U/µl) 0.5µl 0.5U/µl
Total Volume 20µl -
用于PCR反应产物中单链DNA的消除时,可参考下表在冰浴中配制如下反应体系(以5μl体系为例):
Reagent Volume Final Concentration
PCR Product 4.5µl -
Exonuclease I (20U/µl) 0.5µl 2U/µl
Total Volume 5µl -
注1:上述表格中DNA Sample的用量已经比较大,对于样品比较少的情况下,完全可以大幅减少DNA样品的加入量。
注2:由于涉及DNA操作,需要严格按照DNA操作的规范进行,相关试剂和耗材须避免DNase污染,确保是DNase free的,推荐使用碧云天生产的BeyoGold™系列实验耗材及BeyoPure™ Ultrapure Water (DNase/RNase-Free, Sterile) (ST876)进行反应体系的配制。
注3:为获得最好的底物酶切效果,也可根据实际情况,参考酶活单位定义适当调整底物与酶的用量,摸索最优酶促反应体系。
注4:如果同时进行多个连接反应,可以把上表中除底物之外的所有溶液和酶提前预混合均匀,然后分装到各反应管内,最后再加入底物。
注5:Exonuclease I在绝大多数PCR体系中也具有活性,可直接在PCR产物中加入适量Exonuclease I进行酶切反应,用于单链引物的去除;Exonuclease I也可与碧云天BeyoAP Alkaline Phosphatase (D7027)配合使用,用于Sanger DNA测序或SNP分析之前去除体系中残留的单链引物,同时对多余的dNTP进行去磷酸化处理而失活,以保证后续测序反应的正常有序进行。
注6:如果Exonuclease I在某种特殊的反应体系中对单链DNA的酶切效果较差,建议搭配Exonuclease I的10X Reaction Buffer进行单链DNA的消除反应。
2.按上表配制好反应体系后,适当轻轻混匀反应体系,随后离心数秒使粘附在管壁上的液体沉至管底。
3.反应条件:37ºC孵育30分钟。
注:反应时间可以根据实际情况酌情适当调节。
4.终止反应:80ºC孵育20分钟可使Exonuclease I充分失活。
5.根据使用需要,酌情取消化后的产物进行聚丙烯凝胶电泳分析,拍照观察并分析效果。
注:由于Exonuclease I已经过充分失活处理,反应产物通常无需进行纯化处理,可直接用于后续相关实验;若后续实验对样品纯度要求较高,可以通过柱纯化、磁珠纯化,或者酚氯仿抽提、乙醇沉淀等方法纯化已降解单链DNA的反应产物。如果需要从酶切消化反应体系中纯化DNA样品,推荐使用碧云天的BeyoMag™磁珠法PCR/DNA纯化试剂盒(D0041)或PCR纯化试剂盒/DNA纯化试剂盒(D0033);如果需要从琼脂糖凝胶中回收DNA样品,推荐使用BeyoMag™磁珠法DNA凝胶回收试剂盒(D0043)或DNA凝胶回收试剂盒(D0056)。
6.其它用途请自行根据实验目的,查阅相关文献资料进行。
常见问题:
1.PCR反应产物通常会残留过量单链DNA引物,可以使用Exonuclease I进行单链引物清除吗?
可以的。Exonuclease I最主要的应用就是消化PCR反应产物中或双链DNA样品中的多余单链DNA。
2.Exonuclease I可以催化双链DNA或RNA样品的酶切消除吗?
不可以。Exonuclease I对作用底物具有高度选择性,只能催化3'端为羟基的单链线性DNA的水解,对于其它类型的底物均没有催化酶解活性。
3.Exonuclease I的最佳反应温度是多少?
Exonuclease I在37ºC条件下具有最佳酶活和消化效果。
4.Exonuclease I可以进行热失活吗?终止Exonuclease I酶活反应的条件是什么?
可以。反应完成后,将反应产物在80ºC条件下孵育20分钟即可使Exonuclease I充分失活,以终止反应。
5.Exonuclease I在常规反应体系中是否都具有催化活性?
是的。Exonuclease I的酶活在各种反应缓冲液中具有广谱的适应性,可以广泛适用于各种分子生物学实验体系中单链DNA的消化去除。
6.Exonuclease I可用于将3'端为突出粘性末端的双链DNA消化酶解生成平末端双链DNA吗?
不能。Exonuclease I只能作用于单链DNA,对于带有较短突出粘性末端的双链DNA不具备催化活性。建议使用碧云天DNA末端平滑试剂盒(D7012),或T4 DNA Polymerase (D7052)等进行双链DNA末端的平末端化处理。
7.Exonuclease I可以和碱性磷酸酶配合使用,用于在测序反应前或PCR反应后去除体系中多余的单链引物和dNTP/NTP吗?
可以。反应体系中同时加入Exonuclease I和碱性磷酸酶,可以在去除多余单链引物的同时,将dNTP/NTP进行去磷酸化失活处理。碱性磷酸酶推荐使用碧云天BeyoAP Alkaline Phosphatase (D7027)。
8.Exonuclease I是否可以和其它类型核酸外切酶配合使用,用于质粒样品的纯化?
Exonuclease I可以和Lambda Exonuclease配合使用对质粒样品进行纯化制备,推荐使用碧云天Lambda Exonuclease (D7084)。
9.Exonuclease I与RceJf Exonuclease对之间有什么不同?
两者都是特异性作用于单链DNA分子的降解,但催化水解的方向相反,其中Exonuclease I是沿3'→5'方向的消化单链DNA分子,而RecJf Exonuclease是沿5'→3'方向酶解单链DNA分子。
10.Exonuclease I能否沿5'→3'方向降解单链RNA分子?
不能。Exonuclease I是特异性作用于单链DNA的核酸外切酶,只能以单链DNA为底物,沿着3'→5'方向催化单个脱氧核糖核苷酸的酶切和移除,而不能作用于RNA分子。
参考文献:
1.Hanke M, Wink M. Biotechiques. 1994. 17(5):858-860.
2.Kushner SR, Nagaishi H, Templin A, Clark AJ. Proc Natl Acad Sci USA. 1971. 68(4):824-827.
3.Enroth CH, Fehler AO, Poulsen LD, Vinther J. Biotechniques. 2019. 67(3):110-116.
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产品编号 产品名称 包装
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D7082 T5 Exonuclease 1kU/5kU/20kU
R7086 RNase III (dsRNA-specific) 200U/1KU/5KU
R7088 RNase H 250U/1kU/5kU
D7089 RNase H 100U
R7090 Thermostable RNase H 250U/1kU/5kU
R7092 RNase R 500U/2KU/10KU
R7096 RNase T1 100kU/500kU
ST576 RNase A (10mg/ml, DNase free) 1ml
ST577 RNase A (100mg/ml, DNase free) 0.5ml
ST578 RNase A (10mg/ml) 1ml
ST579 RNase A (100mg/ml) 0.5ml
R0102 RNase Inhibitor 2kU/10kU/50kU
R0123 RNase and DNase Away 250ml
R0125 RNase, DNase and DNA Away 250ml
R0127 RNase, DNase, RNA and DNA Away 250ml
R7016 T7 Quick High Yield RNA Transcription Kit 25次/100次
R7018 T7 High Yield RNA Transcription Kit 25次/100次
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