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核酸相关> DNA操作> 基因编辑
FnCas12a (Cpf1)
产品编号: D0510S
产品包装:100pmol
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价格: ¥ 268.00
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产品编号 产品名称 产品包装 产品价格
D0510S FnCas12a (Cpf1) 100pmol 268.00元
D0510M FnCas12a (Cpf1) 500pmol 746.00元
D0510L FnCas12a (Cpf1) 2000pmol 1598.00元

FnCas12a,也称为Cpf1,是碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台表达、纯化获得的一种由RNA引导的可编辑DNA的重组核酸内切酶,具有基因编辑效率高,脱靶效率低的优点。FnCas12a来源于Francisella novicida U112, 分子量大约为154kDa。FnCas12a识别含有TTN的PAM序列,并且FnCas12a的切割位点相对远离其识别位点为多次编辑提供了可能性,这些特点使Cas12a与Cas9可以互为补充。只需简单将guide RNA (gRNA)与Cas12a蛋白相结合,由于该gRNA仅含有crRNA,无需trans-activating crRNA (tracrRNA)即可实现基因编辑的目的(图1)。

CRISPR-Cas系统作为原核生物的适应性免疫系统,广泛存在于细菌和古细菌中,能够保护其自身不受外源DNA或RNA的影响,是非常常用的基因编辑工具。完整的CRISPR-Cas系统包括介导识别DNA的CRISPR RNAs (crRNAs)和介导切割DNA的Cas核酸内切酶。

FnCas12a包含约1300个氨基酸,含有RuvC-like结构域,同时具有DNA和RNA内切酶的活性。研究表明,FnCas12a与Cas9由于两者结构的不同导致了其分子机制有所差异[1]。CRISPR-Cas12a系统是由Cas12a和gRNA (crRNA,仅需约40-44个碱基)组成。FnCas12a由gRNA引导至互补链,识别互补链上5'端短的富含T碱基(5'-TTN-3')的PAM (Protospacer adjacent motif)序列,然后FnCas12a中的RuvC核酸内切酶结构域逐个切割互补链和靶链,以产生交错的DNA双链断裂,断裂发生在PAM序列3'端的约第18个碱基处,切割产物为5'端突出4或5个碱基的粘性末端(图1)。而CRISPR-Cas9系统是由Cas9和gRNA (crRNA和tracrRNA两个RNA分子融合而成)组成,Cas9在gRNA的引导下,识别3'端富含G碱基(5'-NGG-3')的PAM序列,并且Cas9需要使用HNH和RuvC两个核酸酶结构域协同切割DNA,断裂通常发生在PAM序列5'端的第3个碱基处,最终产生平末端。

图1.碧云天Cas12a核酸酶序列识别与DNA切割示意图。

基于crRNA效应复合物中的Cas蛋白,CRISPR-Cas系统分为两类。第Ⅰ类CRISPR-Cas系统利用多蛋白效应复合物发挥作用,其可分为3种类型和12种亚型;而第Ⅱ类CRISPR-Cas系统只需用单一的Cas效应蛋白即可对外源核酸序列进行识别和切割,其可分为3种类型和9种亚型。第Ⅱ类CRISPR-Cas系统由于作用机制简单,因此受到广泛关注,其中众所周知的CRISPR-Cas9系统就属于第Ⅱ类2型。本产品与crRNA共同组成了CRISPR-Cas12a系统,该系统则属于第Ⅱ类5型[2]。

FnCas12a (Cpf1)酶的C端融合了核定位信号(Nuclear localization signal, NLS),NLS有助于FnCas12a进入细胞后定位至细胞核,从而提高基因编辑的效率。

碧云天生产的FnCas12a (Cpf1)酶活性检测效果参考图2。

图2.碧云天和N公司的Cas12a酶活性检测对比效果图。20μl水、3μl 10X Reaction Buffer、3μl 300nM gRNA (序列为UAAUUUCUACUAAGUGUAGAUCUGUGUGAAAUUGUUAUCCG)、1μl Cas12a (浓度分别为62.5、125、250、500、1000nM,加入体系后的终浓度为2.08、4.17、8.33、16.67、33.33nM),在25℃预孵育10min。然后加入3μl 30nM的pUC18质粒DNA形成30μl反应体系,在37℃孵育10min。加入1μl蛋白酶K,室温孵育10min以终止反应。最后加入6μl DNA上样缓冲液(6X) (D0071),进行电泳检测。gRNA与Cas12a结合后,将引导后者至pUC18的第479bp处产生酶切,超螺旋的pUC18质粒被Cas12a酶切后产生线性化的pUC18,迁移率变慢。如图2所示,本产品与N公司的Cas12a具有相近的酶活性。实际效果会因样品、具体实验条件等的不同而存在差异,本图仅供参考。

来源:由大肠杆菌表达,表达基因的来源为FnCas12a。

用途:可用于基因编辑和基因检测等。线粒体或质粒DNA等双链环形DNA的线性化。

纯度:不含DNA内切酶和外切酶,不含RNA酶。

浓度:1μM (153.7ng/μl )。

酶储存溶液:500mM NaCl, 20mM Sodium acetate, 0.1mM EDTA, 0.1mM TCEP, 50% (v/v) Glycerol, pH6 @25℃。

10X Reaction Buffer: 500mM NaCl, 100mM Tris-HCl, 100mM MgCl2·6H2O, 1mg/mL BSA, pH7.9 @25℃。

失活或抑制:65℃加热10分钟失活。

包装清单:
产品编号 产品名称 包装
D0510S-1 FnCas12a (1μM) 100μl
D0510S-2 10X Reaction Buffer 0.5ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D0510M-1 FnCas12a (1μM) 500μl
D0510M-2 10X Reaction Buffer 2ml
说明书 1份

产品编号 产品名称 包装
D0510L-1 FnCas12a (1μM) 2ml
D0510L-2 10X Reaction Buffer 8ml
说明书 1份
保存条件:

-20℃保存,至少两年有效。

注意事项:

本产品使用过程中需要确保Nuclease-free,操作时应特别小心,避免被污染。所有操作都需要按照RNase-free的要求进行。

对于操作环境中核酸酶的去除,推荐使用碧云天生产的RNase and DNase Away (R0123)以去除实验桌面上或其它接触面上的核酸酶。反应体系中推荐加入RNase Inhibitor以保护RNA不被降解。

本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。

为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。

使用说明:
FnCas12a (Cpf1)体外消化靶DNA
1.溶解并混匀体外消化反应所需的各种溶液。将FnCas12a、gRNA、底物DNA置于冰浴上,使用无核酸酶水稀释gRNA至300nM,底物DNA至30nM。
2.按照下表配制反应体系(以30μl体系为例):
Reagent Volume
Nuclease-free water 20µl
10X Reaction Buffer 3µl
gRNA (300nM) 3µl
FnCas12a (1μM) 1µl
Total Reaction Volume 27µl
3.用移液器轻轻吹打混匀或轻微Vortex混匀,室温离心数秒,使液体积聚于管底。25℃预孵育10min。
4.加入3μl 30nM底物靶DNA (30μl最终体积),轻轻混匀(用移液器轻轻吹打混匀或用涡旋混合器在最低速度轻轻混匀),随后离心沉淀液体,37℃孵育10min。
5.向每个样品中加入1μl蛋白酶K (ST532),轻轻混匀, 室温孵育10min。
6.向反应体系中加入6μl DNA上样缓冲液(6X) (D0071),然后使用1%琼脂糖凝胶进行电泳分析。
参考文献:
1.Gao P, Yang H, Rajashankar KR, Huang Z, Patel DJ. Cell Res. 2016. 26(8):901-13.
2.Makarova KS, Wolf YI, Alkhnbashi OS, Costa F, Shah SA, et al. Nat Rev Microbiol. 2015. 13(11):722-36.
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