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多肽与蛋白> 蛋白检测> 免疫沉淀
ChIP Assay Kit
产品编号: P2078
产品包装:22次
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价格:¥1558.00元
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P2078 ChIP Assay Kit 22次 1558.00元

ChIP Assay Kit即Chromatin Immunoprecipitation(ChIP)Assay Kit,也称染色质免疫沉淀检测试剂盒或ChIP检测试剂盒,用于通过免疫沉淀来沉淀和目标蛋白结合的染色质片段,最后通过PCR或Southern等方法来检测沉淀的染色质片段的试剂盒。通常用于检测特定的转录因子或组蛋白等基因组DNA结合蛋白是否和预期的特定基因组DNA序列在同一复合物中。
通过ChIP检测可以获得在体的(In Vivo)目标蛋白和预期基因组DNA片段是否在同一复合物中的结论。EMSA,也称gel shift获得的结果是体外的(In Vitro)目标蛋白和预期基因组DNA片段的结合结果,可以推断细胞内也发生类似的结合,但并不代表该情况在细胞内也真实发生。而ChIP的检测结果则可明确说明这种结合在细胞内是真实发生的。 
本ChIP Assay Kit采用了Protein A+G Agarose,比Protein A Agarose或Protein G Agarose适合于免疫沉淀更多种类的抗体,包括mouse IgG1,IgG2a, IgG2b, IgG3, IgA, rat IgG1, IgG2a, IgG2b, IgG2c, rabbit IgG, rabbit and goat polyclonal Abs,以及human IgG1, IgG2, IgG3和IgG4。 
本试剂盒中经过Salmon Sperm DNA预饱和的Protein A+G Agarose和目的基因组DNA的非特异性结合大大下降。 
提供了预混合的对照引物(Control Primers)。可用于扩增human GAPDH的部分相应序列,引物序列为:
5'-TACTAGCGGTTTTACGGGCG-3';5'-TCGAACAGGAGGAGCAGAGAGCGA-3'。 
本ChIP Assay Kit如果用于常规的染色质免疫沉淀,共可以免疫沉淀22个样品。 
包装清单:

产品编号 产品名称 包装
P2078-1 Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA 3ml
P2078-2 Glycine Solution(10X) 30ml
P2078-3 ChIP Dilution Buffer 48ml
P2078-4 Low Salt Immune Complex Wash Buffer 24ml
P2078-5 High Salt Immune Complex Wash Buffer 24ml
P2078-6 LiCl Immune Complex Wash Buffer 24ml
P2078-7 TE Buffer 48ml
P2078-8 0.5M EDTA 250μl
P2078-9 5M NaCl 500μl
P2078-10 1M Tris, pH 6.5 500μl
P2078-11 SDS Lysis Buffer 10ml
P2078-12 Control Primers(5μM each) 0.1ml
说明书 1份

保存条件:
4℃保存,一年有效。
注意事项:
请勿冷冻保存P2078-1 Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA。除P2078-1外,其它溶液可以-20℃冷冻以保存更长时间。 
需自备用于ChIP的一抗,37%甲醛,PBS,PMSF,Elutioin (1% SDS, 0.1M NaHCO3),蛋白酶K,Glycogen或tRNA,Tris平衡苯酚,氯仿,95%乙醇,70%乙醇,3M NaAc(pH5.2)以及细胞刮子或细胞铲子。PMSF(ST506),蛋白酶K(ST532/ST533),Glycogen(D0812)3M NaAc pH5.2(ST351)等可以向碧云天订购。
需自备超声样品处理仪(sonicator),也称超声粉碎机或超声细胞粉碎机。
使用甲醛时请在通风橱中进行操作。
      本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。
为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。 

使用说明:
1. 样品超声处理条件的优化:
A. 准备适量冰浴预冷的PBS,以及100mM PMSF。将SDS Lysis Buffer适当温浴,使其中的SDS充分溶解,并混匀。
B. 将细胞培养于10cm细胞培养皿中,细胞培养液的用量为10ml。在预期发生目的蛋白和基因组DNA结合的时间点,直接在细胞培养液中加入适量甲醛,轻轻混匀,至最终浓度为1%。随即在37℃孵育10分钟,以交联目的蛋白和相应的基因组DNA。例如,对于常规的每个10cm细胞培养皿中加入10ml细胞培养液的情况,需加入270微升37%甲醛。请注意尽量使用高质量的在有效使用期限内的甲醛。细胞也可以培养于6cm细胞培养皿中,相关溶液的用量需按照比例进行相应调整。
C. 加入1.1ml Glycine Solution (10X),轻轻混匀。室温放置5分钟。
D. 将有细胞样品的培养皿置于冰浴上。吸尽含甲醛和glycine的培养液,尽量保持没有液体残留。
E. 在上述室温放置5分钟期间,用冰浴预冷的PBS稀释100mM PMSF至1mM,即配制成冰浴预冷的含1mM PMSF的PBS。PMSF水性溶液一定要新鲜配制,其在水相中的半衰期约为30分钟。
F. 加入5-10ml冰浴预冷的含1mM PMSF的PBS,洗涤细胞,吸尽液体,尽量保持没有液体残留。
G. 再加入5-10ml含冰浴预冷的1mM PMSF的PBS,进一步洗涤细胞,吸尽液体,尽量保持没有液体残留。
H. 加入1ml冰浴预冷的含1mM PMSF的PBS,用细胞刮子刮下细胞,收集至离心管中。如果细胞可以用枪吹打下来,也可以用枪吹打。对细胞进行计数,分装成每管大约100万细胞。
I. 4℃,800-1000g离心1-2分钟,以充分沉淀细胞。如果发现沉淀不充分,可以适当延长离心时间。吸尽上清,尽量减少液体残留。
J. 配制适量含有1mM PMSF的SDS Lysis Buffer。上一步骤的100万细胞沉淀用0.2ml含有1mM PMSF的SDS Lysis Buffer重悬。
K. 在冰浴上孵育10分钟,以充分裂解细胞。
L. 超声处理,以剪切基因组DNA,使DNA大部分断裂成200-1000bp大小,如果能把大部分控制在400-800bp则更佳。超声过程中请一定注意要保持样品处于冰浴中,并且处于较低温度。超声剪切的效果在后续去交联后可以用常规的DNA琼脂糖凝胶电泳检测。超声处理的条件通常可以设置为10秒每次,共3-4次,功率为50W时设置为最大功率的30%,采用2mm超声头。不同的超声处理仪器的设置不太一样,摸索超声条件时,可以先固定其他条件,先确定每次超声多长时间不会导致明显发热,然后摸索不同的超声次数。直至找到比较合适的超声次数可以使大部分基因组DNA断裂成200-1000bp大小。需要注意的是每次的超声体积和细胞用量宜固定,否则就不能使用一个相对比较固定的超声条件用于后续实验。
注:在对超声后基因组DNA大小进行检测时,如果采用琼脂糖凝胶中添加NA-Red、NA-Green、Gel-Red或Gel-Green等安全染料或使用含该类安全染料的DNA上样缓冲液的方式,由于电泳时SDS会与此类染料结合形成异常条带,条带通常在500-1000bp左右,因此会对超声后基因组DNA大小的判断造成一定的影响。建议采用“电泳完毕后对琼脂糖凝胶染色”的方式进行条带大小的检测,使用该方法不会有异常条带出现,不影响对超声后基因组DNA大小的判断,而且条带大小更准确。
M. 在0.2ml经过超声处理的样品中加入8微升5M NaCl,混匀。65℃加热4小时,以去除蛋白和基因组DNA之间的交联。
N. 加入等体积的Tris平衡苯酚,vortex剧烈混匀,随后4℃,12000g左右离心5分钟。吸取上清至另一离心管中。
O. 加入等体积氯仿,vortex剧烈混匀,随后4℃,12000g左右离心5分钟。吸取上清至另一离心管中。
说明:上述步骤1N和1O的酚氯仿抽提可以使用DNA纯化试剂盒进行操作。例如碧云天的PCR/DNA纯化试剂盒(D0033)
P. 取少量通过酚氯仿抽提或DNA纯化试剂盒获得的液体,对于酚氯仿抽提产物可以取5-10微升,对于DNA纯化试剂盒纯化产物可以取2-5微升,进行琼脂糖凝胶电泳,观察超声处理对于基因组DNA的剪切效果。
2. 染色质免疫沉淀:
A. 在对样品超声处理条件进行优化后,对于待检测样品按照步骤1A-1K进行操作,并参考步骤1L进行超声处理。
B. 随后对于经过超声处理的样品在4℃,12000-14000g离心5分钟。取上清(约0.2ml)至一2ml离心管中,置于冰浴。
C. 配制适量含有1mM PMSF的ChIP Dilution Buffer。加入1.8ml含有1mM PMSF的ChIP Dilution Buffer以稀释经过超声处理的样品,使最终体积为2毫升。
D. 取出20微升样品作为Input用于后续检测。其余近2ml样品加入70微升Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA(其中约35微升为沉淀,35微升为液体),在4℃缓慢转动或摆动混匀30分钟。此步骤的目的是减少Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA和目的蛋白或目的DNA序列的非特异性结合。
E. 4℃,1000g左右离心1分钟,将上清转移至一个新的2毫升离心管中。
F. 加入适量一抗,一抗的用量可以参考抗体的说明书。如果抗体的说明中未给出用于ChIP的稀释比例,可以参考普通的免疫沉淀的稀释比例。通常一抗的用量为0.5-1微克。4℃缓慢转动或摆动混匀过夜。可以不加抗体作为阴性对照,或用无关的抗体作为阴性对照,同时可以用没有细胞样品的溶液作为空白对照。
G. 加入60微升Protein A+G Agarose/Salmon Sperm DNA(其中约30微升为沉淀,30微升为液体),在4℃缓慢转动或摆动混匀60分钟,以沉淀一抗识别的蛋白或相应的复合物。
H. 4℃,1000g左右离心1分钟。非常小心地去除液体,切勿触及沉淀。随后依次用如下溶液对沉淀进行洗涤,每次洗涤液的用量为1ml,每次在4℃缓慢转动或摆动洗涤3-5分钟,随后4℃,1000g左右离心1分钟。非常小心地去除液体,切勿触及沉淀。
a. Low Salt Immune Complex Wash Buffer洗涤一次。
b. High Salt Immune Complex Wash Buffer洗涤一次。
c. LiCl Immune Complex Wash Buffer洗涤一次。
d. TE Buffer洗涤两次。
说明:完成上述所有洗涤步骤后所获得的沉淀即可用于PCR扩增目的基因序列或用Southern检测目的基因序列,或者用于Western检测等。
3. PCR扩增目的基因序列(如果ChIP产物用于检测目的基因序列):
A. 新鲜配制适量Elution buffer (1% SDS, 0.1M NaHCO3)。
B. 完成步骤2H后,即完成所有洗涤步骤后,加入250微升Elution buffer。Vortex混匀,室温转动或摆动继续洗脱3-5分钟。
C. 1000g左右离心1分钟,将上清转移到一新的离心管中。沉淀中再加入250微升Elution buffer。Vortex混匀,室温转动或摆动继续洗脱3-5分钟。
D. 1000g左右离心1分钟,取出上清。和上一步骤,即步骤3C中获得的上清合并。共计约500微升上清。
E. 在500微升上清中加入20微升5M NaCl,混匀。65℃加热4小时,以去除蛋白和基因组DNA之间的交联。对于步骤2D获得的作为Input的20微升样品,加入1微升5M NaCl,混匀,65℃加热4小时,同样用于去除蛋白和基因组DNA之间的交联。此步骤完成后可以继续进行后续步骤,也可以先-20℃冻存,第二天继续后续步骤。
说明:此时的样品已经可以用于PCR,可以尝试使用1、2、5或10微升样品作为模板用于PCR检测目的基因。此时PCR的效果和可能被沉淀下来的DNA的量,以及整个PCR扩增体系是否容易扩增目的基因有关。如果发现PCR效果欠佳,可以考虑通过后续的纯化步骤,纯化并浓缩样品,然后再进行PCR检测。
注意:通常情况下,推荐进行后续纯化后再进行PCR检测,而Input通常不必进行后续纯化步骤。
F. 在约520微升样品中加入10微升0.5M EDTA,20微升1M Tris pH 6.5和1微升20mg/ml 蛋白酶K。混匀后45℃孵育60分钟。
G. 加入等体积Tris平衡苯酚,vortex剧烈混匀,随后4℃,12000g左右离心5分钟。吸取上清至另一离心管中。
H. 加入等体积氯仿,vortex剧烈混匀,随后4℃,12000g左右离心5分钟。吸取上清至另一离心管中。
I. 加入20微克glycogen或yeast tRNA,加入1/10体积的3M NaAc,pH5.2,再加入2.5倍体积无水乙醇。混匀后-70℃沉淀不少于1小时,或-20℃沉淀8小时以上。
J. 4℃,12000-14000g离心10分钟,小心吸去大部分上清,切勿触及沉淀。
K. 加入约1ml 70%乙醇洗涤沉淀。4℃,12000-14000g离心10分钟,小心吸去大部分上清,切勿接触沉淀。
L. 4℃,12000-14000g离心1分钟,非常小心地吸除残留液体。
M. 用少量TE或水重悬DNA沉淀,用于目的基因的PCR检测。用于PCR的引物最好能设计2组,可以用Input作为模板预先摸索出相应的PCR条件,并选择一组效果较好的引物用于最终的PCR检测。少数情况下,当PCR条带过弱时,可以采用nested PCR技术,进行两轮扩增。
说明:步骤G至步骤M也可以采用适当的DNA纯化试剂盒纯化DNA,例如碧云天的PCR/DNA纯化试剂盒(D0033)
4. Western检测ChIP产物(如果ChIP产物用于Western检测):
A. 接步骤2H,在完成所有的洗涤步骤后,加入25微升SDS-PAGE蛋白上样缓冲液(1X)。SDS-PAGE蛋白上样缓冲液(1X)可以用SDS-PAGE蛋白上样缓冲液(5X)用水稀释配制而成。沸水浴煮沸10分钟。
B. 可以取10-20微升用于Western检测。
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使用本产品的文献:
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